За обработката на микробиологично замърсени води и за довеждането им поне до параметри изискващи се от Наредба № 9 се използват следните методи:
- Ултрафилтрация
- Хлориране на водата
- Озониране на водата
- UV стерилизация
- Обратна осмоза
Поради различния химичен и микробиологичен състав на водите, които се обработват, тези инсталации се конструират в повечето случаи индивидуално в зависимост от показателите на водата.