Озонът се използва основно като дезинфекциращо средство. Озонът е мощен окислител и има голямо приложение във водоподготовката, включително за окисляване на органиката.
Ефективността на озонирането зависи от достигането на необходимата концентрация за даден контактен период. За непречистената вода са необходими големи дози озон, тъй като озонът се изразходва и за органиката от природен произход. Озонът реагира с природната органика, като увеличава нейната способност към биологично разлагане. За предотвратяване размножаването на бактериите във водопровода, озонирането се съвместява с последващо пречистване / филтрация или гранулиран активен въглен/ за отстраняване на органиката. След озонирането се прилага и хлориране, тъй като озонът не притежава продължително обеззаразяващо действие.
Озонът се използва и след системите за обратна осмоза в бутилирането на вода и напитки.